南元花園休閒農場內有73個景點，規劃為39個生態區，南元花園休閒農場四季花卉不斷，擁有全國最大的植物園、花園及鳥園等自然生態景觀包含茄苳區、杏花區、桃花心木區、桂花迷宮等，其中鳥園區共有80多種鳥類，而台灣藍鵲、藍腹鷴、環頸雉等保育鳥類就佔了20多種；珍貴古奇木區則有500年的茄苳樹，以及200年的七里香，該區全部樹齡都在150年以上，被稱為南台灣植物大觀園，有六甲後花園之稱；南元花園休閒農場擁有分佈寒帶、溫帶、熱帶1113種、12萬餘株樹木，豐富的林相，使之成為熱門戶外教學去處；另外，為推展保育觀念，南元花園休閒農場還成立全國全國第一座『金蟬生態保護區』，讓民眾親眼目睹金蟬脫殼的樂趣。
南元花園休閒農場內擁有6個天然湖泊，共分為天鵝湖遊艇區、水上高爾夫球湖泊區、釣魚湖泊區、垂榕湖泊區、野鳥觀賞湖泊區，還有回饋亭、動物島區烤肉區、泡茶區