東吉嶼與台灣本島之間的隔離水道，昔日稱「黑水溝」，深不可測，因水面呈現黑色而得名，自古就有「鬼域」之稱。這裡是寒帶與熱帶兩股海洋氣流，以及漲潮與退潮海流迴旋的地方，為期長達半年的東北季風，經常掀起滔天駭浪，使的黑水溝與鄰近海域暗流激盪，海上行船更添兇險。 日本人建東吉嶼燈塔的塔身最初是原筒狀鐵塔，外表漆成白色。但開燈後黑水溝的航道安全仍然不見改善。二十七年後拆除，重新改新建鋼筋混泥土結構，塔身改漆黑白相間條紋，並建造房舍，派人前往看守，東吉嶼燈塔是日本人統治台灣後，在澎湖群島興建的二座燈塔，第一座為目斗嶼燈塔。前往澎湖群島最東的東吉嶼，在交通上相當不方便沒有交通船前往，如果樣前往東吉嶼大都以包船方式前往，如果從台灣高雄興達港前往需要四個小時得行程，最近的從澎湖望安前往也需要九十分鐘，屬於台灣燈塔中比較難到達的燈塔之一。