河口濕地在過去只是人們眼中毫無利用價值、蚊蚋叢生的爛泥灘，但現今保育界發現濕地的重要性可與熱帶雨林相提並論，它可以從河川中上游沖刷及海洋潮水帶來大量養分，成為蝦、蟲、蟹、貝、魚、鳥類的重要棲地，而它具有吸收重金屬及毒性物質的防污功效，更是大自然的淨水系統，每當豪雨降臨時，這些濕地也是淡水的留滯池，可以避免地面的逕流水，在很快的時間內流集到低窪地，衍生水患，由此可見濕地實彌足珍貴。
　 大肚溪口的自然環境與動植物生態豐富，包括地質地形、溪流環境、哺乳類、鳥類、爬蟲類、兩棲類、魚類等動植物資源。主要的兩個特色則是草澤與水鳥。草澤主要分佈在南岸張玉姑廟河床地、河口潮間帶和寓埔海埔地一帶，尤以寓埔海埔地的草澤最為完整，面積亦最大。
大肚溪囗佔地約三千公頃，蘊含豐富的潮汐生物，動植物資源豐富，加上地域遼闊平坦，而魚塭的堤岸亦提供了水鳥躲避強風的場所，為每年秋冬季候鳥遷徙必經之地，根據調查資料顯示，其鳥類的種類、族群數量及密度均高，已成為全省最大的水鳥棲地之一，也是西部海岸最佳的賞鳥地，溪口的鳥類多屬候鳥，春秋過境時族群數以千計，經常可見成千上萬的鳥群凌空飛起，蔚為奇觀，廣受世界研究鳥類遷移及保護學者的重視。

 

而野生動物保護區的範圍北起台中火力發電廠邊界，沿台中縣龍井堤防為界到台中縣龍井堤防為止，東界從出海口上溯約十公里的採砂埸旁，南至伸港鄉海埔新生地田尾排水溝，西至海域約二公里。涵蓋了河口區、河口流域、海埔新生地、溼地潮間帶及魚塭，並包含了河堤內保安林帶及水鳥自然公園。主要保育對象包括河口、海岸生態系及其棲息的鳥類。

 

 

目前在溪口所記錄的鳥類一共有一百七十二種，其中水鳥約佔七成，以鷸科、雁鴨科、鷗科、鷺科、秧雞科較多。陸鳥約佔三成，以麻雀、小雨燕、小雲雀、白頭翁及鳩鴿科、燕科較多。每年十二月至隔年四月為水鳥季，鳥類種類最多，族群最大，是賞鳥最好的時機。本區列入保育類珍稀鳥類包括瀕臨絕種的隼、黑面琵鷺、諾氏鷸。珍貴稀有的有唐白鷺、黑頭白環、巴鴨、赤腹鷹、灰面鷲、澤鵟、灰澤鵟、魚鷹、紅隼、環頸雉、水雉、彩鷸、燕、蒼燕鷗、小燕鷗、短耳鴞。其他應予保育類的有喜鵲、紅尾伯勞等。