柴魚乾是歷經各種不同工序製造而成。首先是以「生切」方式，將頭部、內臟去除，在依魚種大小、切割方式的不同，可分為本節與龜節，本節再生切後依部位又有背節（雄節）與腹節（雌節）之分。之後將魚肉排放於架上熟煮後，再進行冷卻與去骨（去除皮、骨）工作，並進行反覆的焙燻作業方能成形。煙燻柴魚必須選用木麻黃、龍眼木、荔枝木、九芎、枇杷樹等不含油脂與異味的樹種，另外煙燻柴魚的柴薪在起火時也絕對不可以使用報紙、火種等助燃物，由於含油脂的樹種與助燃物經過高溫燃燒所釋放出的毒素與惡臭的氣味將會破壞魚肉的甜美與香氣，如果過程中誤放了含油脂的樹種或助燃物，整批的柴魚就必須全部報廢。在日本更有人將處理好之裸節，利用優質菌種的特殊處理方式，使柴魚水分下降至20％來提升其香氣。