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學甲濕地已發現100多種鳥類駐足，包括保育類的黑面琵鷺、彩鷸，還有埃及聖環鳥、小辮鴴、黑腹燕鷗，大白鷺、小白鷺、青足鷸、高蹺鴴、中杓鷸、赤足鷸、鷹斑鷸、紅冠水雞、小濱鷸、磯鷸、東方環頸鴴、夜鷺等鳥類，2013年初還發現一隻臺灣罕見的花鳧現身學甲濕地(目前判斷為迷鳥)。
黑面琵鷺是一種候鳥，主要棲息於南北韓及中國遼寧省的無人島。每年的九月就會南飛過冬，直到隔年三月才會陸續北返，臺灣西海岸是目前黑面琵鷺度冬最大的棲地，多集中在七股溼地及曾文溪口，學甲濕地近年發現百隻黑面琵鷺前來棲息，足見學甲濕地的生態豐富。