基於生物科技乃二十一世紀之主要趨勢，南華大學於民國95年成立自然生物科技學系，是國內唯一培育兼具自然生物科技與產業管理跨領域專業人才的學系。系發展重點在於培育未來產業界對醫學、生物科技、分子生物、保健食品、化妝保養品、營養輔助品、環境保護、微生物、組織培養等相關人才。課程規劃分成六大領域，包括自然農場、植物組織培養、應用微生物與發酵產業、自然醫學、分子生物學及中草藥等。除了要求學生完成基礎學科訓練外，更要求每位學生選擇一位指導教授，進行至少一年的專題研究，並發表研究結果、撰寫報告及申請專利。畢業生除可以報考醫學、生物科技、保健食品、化妝保養品、環境保護、組織培養等相關研究所外，也可以從事與醫學或生物科技相關的工作。