鹿兒島的海域南北長達600km，巨大的洋流「黑潮」在這裡橫切過吐噶喇列島奔向太平洋，鯨鯊與鰹魚、鮪魚等魚類便乘著這道洋流來到這裡。
此外，從屋久島、種子島一路連接到與論島的「西南群島」各島周圍，擁有非常發達的珊瑚礁環境，聚集了許多色彩豔麗的亞熱帶魚貝類在此棲息。另一方面，水族館前面展開著「錦江灣」，海灣中央聳立著活火山櫻島，由大小熔岩形成的轉石帶在周圍海岸由淺灘持續到深水區，形成獨特的海中景觀。海面上，有數頭到數十頭南方瓶鼻海豚成群棲息在海灣深處，還有超過200頭的大群長吻真海豚快樂地悠游在錦江灣全區。錦江灣雖是個內灣，但深水處的水深達200m，連深海生物都在此生活。加上海灣水深90m處附近的海底有薩摩羽織虫群生，目前已瞭解到支撐著它們生存的，竟是由櫻島海底噴發上來的硫化氫瓦斯。鹿兒島的海洋環境如此多彩多姿，生物種類繁多，遠遠超過其他海域。
鹿兒島水族館針對如此多種多樣的生物，盡心展示。館內水槽有2樓的「黑潮之海」「西南群島之海」以及以錦江灣為中心的4樓「鹿兒島之海」等，依主題不同分別展示。