考古學家在澎湖共發現九十一處古代文化遺址，其中，史前文化遺址五十二處，歷史文化遺址三十九處。這些古文化遺址散佈於澎湖的十六座島嶼，澎湖本島最多，有二十八處；白沙次之，有十五處；望安再次，有十二處。遺址中所採集到文化遺物以石器與陶器居多，間有少許骨器，另外也發現大量遺物如貝殼、魚骨及獸骨等。
　　根據考古資料顯示：澎湖在五千年前，以粗繩紋陶為代表的新石器時代就有人類活動。漢人移入澎湖，大約在第九或第十世紀，移民為大陸漳泉兩府暫時性移民。當時無大型聚落，移民以捕魚、採貝、畜養或耕種維生，並且與大陸福建沿海交易。
　　考古學家認為：漢人拓殖澎湖群島，最遲應當不會晚於北宋，極有可能是在唐末或唐床之間，他們將澎湖當做臨時的漁業基地或休憩地，到了南宋時期，才有漢人在澎湖定居。